睡蓮和莲二者的外观虽然相似，但亲缘关系甚远，两者可从其葉子的生長位置和葉子的形狀区分开来。 睡蓮不是蓮花的一个亚种，很多人因为误读，而把睡蓮叫做荷花，兩者不是同一種植物。[6]1981年的克朗奎斯特分類法單獨分出一個蓮科，根據其外觀放入睡蓮目，1998年根據基因親緣關係分類的APG 分類法認為本科應放入山龍眼目。